Шесть лет пролетели с тех пор, как битва за Британию и освобождение Галлии от нейроев стали лишь далёким эхом прошлого. Ёсика Мияфудзи, легендарный пилот прославленного 501-го объединённого истребительного крыла, вновь вернулась домой, в Фусо, завершив своё обучение в средней школе. Но её личная борьба ещё далеко не окончена. Один из поворотных моментов её судьбы наступает, когда она получает загадочное письмо. По странному совпадению оно подписано именем её покойного отца. Внутри Ёсика находит чертежи мощного боевого робота, над созданием которого её отец трудился до своей смерти.
Этот робот обладает необычными возможностями, и, возможно, он сможет синхронизироваться с уникальными магическими силами Ёсики. Однако вскоре её мысли о прошлом уступают место тревоге за будущее: в Европе всплывает новая волна угроз. Над Венецией возникает колоссальное гнездо Нейрои — угрожающий объект невероятной силы, способный уничтожать всё на своём пути. Его появление поставило в опасность северную часть Европы, разрушив целые регионы и поставив под удар жизни тысяч Ведьм, которые уже долгое время защищают человечество.
На этом бедствия не заканчиваются: разведка сообщает о неожиданной находке — среди Нейрои появился новый гуманоидный тип, стремящийся установить контакт с людьми. Ёсика чувствует, что не может остаться в стороне. Опасность, нависшая над её союзниками, заставляет её собраться с духом и отправиться обратно на фронт. Готовая бросить вызов навязчивому врагу, она снова вступает в борьбу, чтобы защитить мир от надвигающегося кошмара.