К югу от Японии, где тропические леса сливаются с величественными горами, скрывается остров Южного Креста. Его дикая красота, утопающая в густой зелени, кажется местом, где можно оставить прошлое позади и начать жизнь с чистого листа. Однажды ночью, ночь, покрытая густым туманом, волны выбрасывают на берег молодого человека по имени Такуто Цунаси. Он прибыл из Японии ни с чем: без вещей, денег или знакомых. Такуто ещё не догадывается, что этот остров изменит его жизнь навсегда. Поступив в Старшую Школу Южного Креста, он быстро обретает новых друзей — яркую и жизнерадостную Вако Агэмаки и спокойного, но надёжного Сугату Синдо, с которым неожиданно находит общий язык. День за днём его новый мир становится всё насыщеннее, но под покровом зелени остров хранит свои мрачные тайны.
В глубинах острова, в древних катакомбах, покоятся загадочные механизмы — гигантские боевые машины под названием «Кибоди». Эти массивные конструкции, напоминающие футуристических роботов, способны двигаться и функционировать лишь в особом измерении, которое называют Нулевым Временем. Обычным людям почти невозможно ими управлять, но те, кто способен пробудить скрытую силу, получают доступ к их невероятной мощи. Вскоре Такуто оказывается втянут в водоворот событий, когда загадочная и могущественная организация под названием «Мерцающий Звёздный Крест» начинает охотиться за Кибоди. Их цель — нарушить древние печати, созданные четырьмя священными девами, чтобы освободить силы Кибоди и использовать их в реальном мире.