Харухи Судзумия уверена, что обычные люди не заслуживают её внимания — в её глазах они скучны и ничем не примечательны. Единственное, что пробуждает её интерес, — это всё сверхъестественное, необъяснимое и выходящее за рамки привычного. Хотя внешне она выглядит как обычная школьница, Харухи никогда не стремилась к общению с окружающими, не искала друзей и даже заявила на весь класс в первый же учебный день, что заводить знакомства ей абсолютно не нужно. Её увлечения сосредоточены вокруг путешествий во времени, магии, загадочных гениев и эксцентричных учёных.
Тем не менее, её необычная откровенность вызвала неожиданный отклик у Кена, одного из её одноклассников. Заинтересовавшись странной девчонкой, он предложил ей совместно организовать клуб, который займётся изучением сверхъестественных явлений. Так появился «SOS» — союз, поставивший своей целью раскрытие загадок, которые выходят за рамки здравого смысла. Стоит отметить, что раньше Кен совершенно не верил ни в магию, ни в мистику, но встреча с Судзумией перевернула его представления о мире. Харухи быстро собрала в клуб ещё нескольких единомышленников, и теперь их команда готова бросить вызов скучной реальности, раскрыв её скрытые тайны. Вместе они хотят доказать окружающим, что мир далеко не так прост, как кажется на первый взгляд, и наполнен загадками, стоящими за рамками привычного восприятия.