В период Бакумацу, критической точке в истории Японии, Синсаку Такасуги и Когоро Кацура, известный также как Кацура, нанимаются для миссии проникновения на правительственное судно в поисках таинственного "хронометра". Этот артефакт, способный манипулировать временем, вызывает тревогу у Синсаку, который опасается, что власти могут использовать его для собственной выгоды. Оба решают разрушить артефакт, но после его кратковременного владения теряют его, что заставляет их преследовать вора до самого Киото.
По прибытии в столицу, они обнаруживают, что прежнее правительство пало и теперь власть перешла к божеству Сусаноо. Киото неподобен себе предыдущему: город и его жители кардинально изменились. Вопреки этим изменениям, цель Синсаку и Кацуры остается неизменной — они должны помешать использованию хронометра в корыстных целях, рискуя исказить историю.
В осознании новых угроз и реалий, Синсаку и Кацура планируют "сбросить" время, чтобы избежать надвигающейся катастрофы. Их путешествие приводит их через таинственные и полные опасностей места, где они встречаются с противниками, желающими контролировать хронометр. В борьбе за контроль над временем, верность и дружба оказываются их основными средствами противостояния тем, кто стремится использовать артефакт для достижения своих целей. Синсаку и Кацура обязаны не только обезвредить хронометр, но и защитить будущее своей страны от тех, кто готов пожертвовать его ради личной выгоды.