После поражения Мьюри Ундзэн в схватке с Медаки Куроками и её студенческим советом, Академия Хаконива ненадолго вернулась к привычной рутине. Тишина и спокойствие окутали школу, словно обещая, что худшее осталось позади. Однако это было лишь затишье перед бурей. Новая угроза, куда более опасная и непредсказуемая, вскоре нависла над Медаки, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзиме. Академия снова оказывается в центре странных и зловещих событий, когда на свет выходит тайный замысел директора школы — загадочный и устрашающий «План Флакона». Этот план обещает уничтожить устоявшийся порядок, принеся с собой тиранию, хаос и тотальный контроль.
На этом фоне всплывает новая, ещё более опасная сила — группа учеников, именующих себя «Партия тринадцати». Эти обладатели уникальных и пугающих способностей возглавляются харизматичным и амбициозным лидером Удо Мияконодзе. Его стратегический ум и значительная сила делают его врагом, который способен сокрушить всё на своём пути. Его цель ясна: он намерен разорвать устои Академии и захватить власть, установив свои собственные правила. Студенческий совет становится их главным препятствием.
Тем временем угроза накаляется, когда из прошлого возвращается старый враг, который когда-то потерпел поражение, но теперь жаждет реванша. Его появление лишь добавляет напряжения в и без того сложную ситуацию. Смогут ли Медака и её команда противостоять сразу двум мощным силам, которые угрожают разрушить порядок и безопасность их мира? Или же Академия Хаконива окончательно погрузится во мрак интриг и борьбы за власть?